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😷️🇵🇹 Dados relativos à pandemia COVID-19 em Portugal

📅️ Última actualização: 5 de Abril de 2023, 16:43

⚠️ Dados diários COVID-19 para casos confirmados e óbitos retomaram sexta-feira 25 de Março de 2022 em Link DGS, com cópia disponíveis na pasta dados_diariose a conversão do XLSX para CSV em dados_diarios.csv. É expectável que não correspondam aos dados semanais presentes no ficheiro original dados.csv.

⚠️ Dados diários COVID-19 e Vacinação terminaram sexta-feira 11 de Março de 2022, sendo substituidos por um novo relatório semanal conjunto - Link DGS - o que implica o final dos dados raw detalhados diários necessários para a maioria dos ficheiros CSV deste repositório.

🤖 Twitter Bots [INACTIVOS]: @CovidometroPT - Estatísticas diárias da COVID-19 em Portugal e @PlenoDVacinacao - Monitor da Vacinação COVID-19 em Portugal.

ℹ️ Fonte dos dados: Direcção Geral de Saúde - Ministério da Saúde Português, através dos relatórios do COVID-19 (aqui), da base de dados da ESRI Portugal aqui, e da API da Dashboard da ESRI aqui, desde 03/03/2020.

👁️ Utilizaste estes dados para análises/plataformas/notícias?: Deixa-nos detalhes aqui, na categoria 🙌 Montra de Projectos.

✉️ Carta Aberta à Direcção Geral de Saúde: Escrevemos um relatório em formato de Carta Aberta que contém tudo o que aprendemos acerca da estratégia de dados da DGS a respeito do COVID-19. Nesta carta fazemos várias sugestões no sentido de criar uma verdadeira cultura de dados abertos no seio desta organização. Se fazes parte de uma organização que partilha estes valores, a carta pode ser assinada aqui

🤔 Contexto

Embora a comunicação e partilha de dados por parte do Ministério de Saúde Português tenha melhorado consideravelmente ao longo da crise do COVID-19, ainda está longe de ideal (havendo a destacar o exemplo do repositório da Protecção Civil Italiana no GitHub).

A informação disponibilizada pela Direcção Geral de Saúde (DGS), para além de não ter o nível de granularidade da das autoridades italianas, também não é disponibilizada em formatos abertos e facilmente inspeccionáveis/manipuláveis. Ficam assim dificultadas tarefas de análise, modelação e visualização por parte da comunidade (quer mais informal, quer mais académica/industrial) disposta a colaborar no combate à pandemia com as ferramentas que conhece: as de análise de dados.

❗ O compromisso deste repositório é justamente esse: todos os dias enquanto esta pandemia durar, o ficheiro data.csv será actualizado com a informação mais recente disponibilizada pela Direcção Geral de Saúde. Esta informação será extraída das fontes de dados da dashboard assim que disponbilizada (por vezes algumas horas depois do lançamento do relatório).

A estrutura base deste ficheiro, desenhada para fácil manipulação em Excel/Python/R não mudará, podendo a comunidade analítica considerá-lo um alvo imutável (em termos de localização e estrutura) para, por exemplo, alimentar plataformas de visualização/modelação. De notar que, mediante a evolução do formato dos relatórios de situação, poderão ser adicionadas novas colunas, mantendo-se claro a retrocompatibilidade. Fontes adicionais de dados poderão também ser adicionadas.

Porque tudo começa com bons dados.

👁️ Aplicações deste repositório

Como achatar a curva? O que revelam as experiências dos países, por Rui Barros e Dinis Correia (Público)
Ainda há Covid-19 amanhã?, por Miguel Mano
COVID-19 Portugal Data, por Rui Calheno
Resumo COVID-19, por Pedro Lima
COVID-19 Cases, por @hrmartins
Novos casos diários do vírus de corona COVID-19 por região, por @giuppo
Dashboard tech4COVID19, por Manuel Banza
COVID-19 Portugal, por Frederico Pimpão
Estatisticas COVID-19, por @jrabasilio
COVID-19 em Portugal, por @dnunessandro
Measuring Icebergs: Using Different Methods to Estimate the Number of COVID-19 Cases in Portugal and Spain, por CoronaSurveys Research Team
Covid-19, por Artur Mendes
Análise sobre o COVID-19, por Fabiano Rodrigues
COVID 19 - Portugal e um olhar sobre o mundo, por José Correia da Silva
COVID-19 Portugal, por Vasco Silva
Pandemia COVID-19 em Portugal, por Paulo Moreira
COVID-19 Time varying reproduction numbers estimation for Portugal, por Christian S. Perone
COVID19 Portugal data, por Antero Pires
COVID-19 Portugal Dashboard, por @dvpinho
Como está a evoluir a pandemia covid-19 onde vivo?, por Rui Barros, Dinis Correia e Hélio Carvalho (Público)
COVID-19 Insights, por COTEC e Nova IMS
EyeData|COVID-19, por Agência Lusa e Social Data Lab
COVID-19, por @filipeataide
Daily Portuguese COVID-19 Data, por @saghirb
Epidemiologia Covid Interativa, por Escola Nacional de Saúde Pública
COVID-19 Rt estimator, por @AlfredoBB
E muitas mais aqui, no fórum do repositório

🧱 Estrutura

O repositório está organizado da seguinte forma:

data.csv: o Pastel de Nata. Dados extraídos da dashboard e do relatório diário da DGS.
amostras.csv: contém dados diários relativos às amostras, extraídos da dashboard da DGS.
vacinas.csv: contém dados diários relativos à vacinação, extraídos da dashboard da DGS. Nota: os valores de doses, tal como na dashboard e nas imagens publicadas nas redes sociais, correspondem apenas à população residente no continente, excluindo as ilhas. O mesmo se aplica nos relatórios de vacinação até 17-03-2021, com o relatório #6 de 24-03-2021 passando a incluir as ilhas. Adicionalmente, as vacinas unidose são contabilizadas como dose1 nos valores diários, embora sejam correctamente contabilizados e documentados como vacinação completa (doses2) no relatório semanal. Para ajustar os valores em falta para as ilhas e unidoses, os campos pessoas são ajustados com os valores semanais do relatório.
vacinas_detalhe.csv: contém dados detalhados semanais relativos à vacinação, extraídos do dataset do relatório de vacinação da DGS. Nota: até 17-03-2021 incluia apenas população residente no continente, vide nota de vacinas.csv. Nota: tal como todos os outros csv, a coluna data corresponde ao dia seguinte aos dados reportados (7 dias neste caso), enquanto o Relatório PDF refere o último dia desses 7 dias, e o Dataset CSV refere o primeiro dia desses 7 dias.
data_concelhos.csv: contém dados acumulados relativos aos confirmados por concelho, extraídos do dashboard da DGS (e por isso sujeito às mesmas limitações relativamente a abrangência e protecção de dados, nomeadamente concelhos com menos de 3 confirmados não são reportados). Esta série de dados tem início a 24-03-2020 e tem cadência diária até 04-07-2020, passando a cadência semanal a 14-07-2020, e terminando a 26-10-2020. Vide os próximos dados para o novo formato.
data_concelhos_14dias.csv e data_concelhos_incidencia.csv contém dados de confirmados do acumulado dos 14 dias anteriores à data do reporte, no primeiro ficheiro, e proporcional a 100k habitantes no segundo ficheiro. Inclui os dados calculados do data_concelhos.csv desde que os daddos são semanais, nomeadamente entre 27-07-2020 (correspondendo ao periodo de 13-07-2020 a 26-07-2020) até 26-10-2020, e será actualizado conforme seja disponibilizado pela DGS (semanalmente à segunda-feira).
archive/: arquivo de todos os relatórios de situação disponibilizados pela DGS, em formato .pdf. Os relatórios são disponibilizados diariamente, desde o dia 03-03-2020.
notebooks/: contém um notebook Python com um exemplo simples de como carregar e visualizar os dados.
extra/: contém fontes de dados extras que podem ser usadas para complementar as análises dos restantes dados. As descrições dessas fontes de dados encontram-se dentro de um README nessa pasta.

📡 API Rest para os dados portugueses e mundiais

Em conjunto com a VOST Portugal, desenvolvemos uma API disponível a todos com os dados disponibilizados deste repositório, numa tentativa de dar uma ferramenta mais acessível a todos os que querem analisar os dados. Podem aceder e consultar a documentação aqui: https://covid19-api.vost.pt

A API requer autenticação básica. Os utilizadores podem pedir a senha através do envio de um e-mail para covidapi@vost.pt com a informação:

Website onde a API e dados estão a ser usados, e-mail de contacto e nome da pessoa responsável.

Será gerado um username e uma password e enviado por e-mail.

(Versão anterior, desatualizada) Autor: Carlos Matos | Grupo IFT

Dados em versão API com resposta JSON, atualização diária conforme esta base de dados e dados da OMS para o endpoint dos dados mundiais por país. Acesso via RapidApi, com exemplos de requisição e resposta, exemplos de clients e SDK.

📔 Dicionário dos dados

Uma explicação do conteúdo em data.csv.

📝 ARS: Administração Regional de Saúde

Nome da coluna	Significado	Possíveis valores
`data`	Data da publicação dos dados	DD-MM-YYYY
`data_dados`	Data e hora da recolha dos dados apresentados (quando omitida nos relatórios, assume-se como sendo a data da publicação dos dados). Geralmente, os dados são reportados até às 24h do dia anterior à `data` (equivalentes às 00h do dia de `data`, sendo este último o formato utilizado).	DD-MM-YYYY HH:MM
`confirmados`	Casos confirmados	Inteiro >= 0
`confirmados_arsnorte`	Casos confirmados na ARS Norte	Inteiro >= 0
`confirmados_arscentro`	Casos confirmados na ARS Centro	Inteiro >= 0
`confirmados_arslvt`	Casos confirmados na ARS Lisboa e Vale do Tejo	Inteiro >= 0
`confirmados_arsalentejo`	Casos confirmados na ARS Alentejo	Inteiro >= 0
`confirmados_arsalgarve`	Casos confirmados na ARS Algarve	Inteiro >= 0
`confirmados_acores`	Casos confirmados na Região Autónoma dos Açores	Inteiro >= 0
`confirmados_madeira`	Casos confirmados na Região Autónoma da Madeira	Inteiro >= 0
`confirmados_estrangeiro`	Casos confirmados no estrangeiro	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador. A partir de 28-03-2020, este indicador deixou de ser reportados e os respectivos casos imputados às ARS/Regiões de origem.
`confirmados_novos`	Número de novos casos confirmados comparativamente ao dia anterior. É uma coluna calculada a partir da diferença nos casos `confirmados` entre dias consecutivos	Inteiro >= 0
`recuperados`	Total de casos recuperados	Inteiro >= 0
`obitos`	Total de óbitos	Inteiro >= 0
`internados`	Número de pacientes COVID-19 internados	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`internados_uci`	Número de pacientes COVID-19 internados em Unidades de Cuidados Intensivos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`lab`	Número de casos suspeitos a aguardar resultados laboratoriais	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`suspeitos`	Total de casos suspeitos (tendo a definição sido actualizada a 29/02/2020) desde 01/01/2020	Inteiro >= 0
`vigilancia`	Número de casos sob vigilância pelas autoridades de saúde	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`n_confirmados`	Número de casos cuja suspeita de infecção não se confirmou	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`cadeias_transmissao`	Número de cadeias de transmissão do SARS-CoV-2 activas	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`transmissao_importada`	Número de casos confirmados com transmissão por via de infectados de outros países	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_0_9_f`	Número de casos confirmados do sexo feminino na faixa etária 0-9 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_0_9_m`	Número de casos confirmados do sexo masculino na faixa etária 0-9 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_10_19_f`	Número de casos confirmados do sexo feminino na faixa etária 10-19 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_10_19_m`	Número de casos confirmados do sexo masculino na faixa etária 10-19 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_20_29_f`	Número de casos confirmados do sexo feminino na faixa etária 20-29 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_20_29_m`	Número de casos confirmados do sexo masculino na faixa etária 20-29 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_30_39_f`	Número de casos confirmados do sexo feminino na faixa etária 30-39 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_30_39_m`	Número de casos confirmados do sexo masculino na faixa etária 30-39 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_40_49_f`	Número de casos confirmados do sexo feminino na faixa etária 40-49 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_40_49_m`	Número de casos confirmados do sexo masculino na faixa etária 40-49 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_50_59_f`	Número de casos confirmados do sexo feminino na faixa etária 50-59 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_50_59_m`	Número de casos confirmados do sexo masculino na faixa etária 50-59 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_60_69_f`	Número de casos confirmados do sexo feminino na faixa etária 60-69 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_60_69_m`	Número de casos confirmados do sexo masculino na faixa etária 60-69 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_70_79_f`	Número de casos confirmados do sexo feminino na faixa etária 70-79 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_70_79_m`	Número de casos confirmados do sexo masculino na faixa etária 70-79 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_80_plus_f`	Número de casos confirmados do sexo feminino na faixa etária 80+ anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_80_plus_m`	Número de casos confirmados do sexo masculino na faixa etária 80+ anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`sintomas_tosse`	Percentagem de casos infetados que reportaram o sintoma de tosse. Conforme informa a DGS, estes dados são relativos apenas a uma %, não-especificada e variável, dos infectados	fracção entre [0, 1] ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`sintomas_febre`	Percentagem de casos infetados que reportaram o sintoma de febre. Conforme informa a DGS, estes dados são relativos apenas a uma %, não-especificada e variável, dos infectados	fracção entre [0, 1] ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`sintomas_dificuldade_respiratoria`	Percentagem de casos infetados que reportaram o sintoma de dificuldades respiratórias. Conforme informa a DGS, estes dados são relativos apenas a uma %, não-especificada e variável, dos infectados	fracção entre [0, 1] ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`sintomas_cefaleia`	Percentagem de casos infetados que reportaram o sintoma de cefaleias. Conforme informa a DGS, estes dados são relativos apenas a uma %, não-especificada e variável, dos infectados	fracção entre [0, 1] ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`sintomas_dores_musculares`	Percentagem de casos infetados que reportaram o sintoma de dores musculares. Conforme informa a DGS, estes dados são relativos apenas a uma %, não-especificada e variável, dos infectados	fracção entre [0, 1] ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`sintomas_fraqueza_generalizada`	Percentagem de casos infetados que reportaram o sintoma de fraqueza generalizada. Conforme informa a DGS, estes dados são relativos apenas a uma %, não-especificada e variável, dos infectados	fracção entre [0, 1] ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_f`	Número total de confirmados do sexo feminino	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em falta
`confirmados_m`	Número total de confirmados do sexo masculino	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em falta
`obitos_arsnorte`	Total de óbitos na ARS Norte	Inteiro >= 0
`obitos_arscentro`	Total de óbitos na ARS Centro	Inteiro >= 0
`obitos_arslvt`	Total de óbitos na ARS Lisboa e Vale do Tejo	Inteiro >= 0
`obitos_arsalentejo`	Total de óbitos na ARS Alentejo	Inteiro >= 0
`obitos_arsalgarve`	Total de óbitos na ARS Algarve	Inteiro >= 0
`obitos_acores`	Total de óbitos na Região Autónoma dos Açores	Inteiro >= 0
`obitos_madeira`	Total de óbitos na Região Autónoma da Madeira	Inteiro >= 0
`obitos_estrangeiro`	Total de óbitos no estrangeiro	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador. A partir de 28-03-2020, este indicador deixou de ser reportados e os respectivos casos imputados às ARS/Regiões de origem.
`recuperados_arsnorte`	Total de pacientes recuperados na ARS Norte	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`recuperados_arscentro`	Total de pacientes recuperados na ARS Centro	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`recuperados_arslvt`	Total de pacientes recuperados na ARS Lisboa e Vale do Tejo	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`recuperados_arsalentejo`	Total de pacientes recuperados na ARS Alentejo	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`recuperados_arsalgarve`	Total de pacientes recuperados na ARS Algarve	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`recuperados_acores`	Total de pacientes recuperados na Região Autónoma dos Açores	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`recuperados_madeira`	Total de pacientes recuperados na Região Autónoma da Madeira	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`recuperados_estrangeiro`	Total de pacientes recuperados no estrangeiro	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador. A partir de 28-03-2020, este indicador deixou de ser reportados e os respectivos casos imputados às ARS/Regiões de origem.
`obitos_0_9_f`	Número total de óbitos de pacientes do sexo feminino na faixa etária 0-9 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_0_9_m`	Número total de óbitos de pacientes do sexo masculino na faixa etária 0-9 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_10_19_f`	Número total de óbitos de pacientes do sexo feminino na faixa etária 10-19 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_10_19_m`	Número total de óbitos de pacientes do sexo masculino na faixa etária 10-19 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_20_29_f`	Número total de óbitos de pacientes do sexo feminino na faixa etária 20-29 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_20_29_m`	Número total de óbitos de pacientes do sexo masculino na faixa etária 20-29 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_30_39_f`	Número total de óbitos de pacientes do sexo feminino na faixa etária 30-39 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_30_39_m`	Número total de óbitos de pacientes do sexo masculino na faixa etária 30-39 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_40_49_f`	Número total de óbitos de pacientes do sexo feminino na faixa etária 40-49 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_40_49_m`	Número total de óbitos de pacientes do sexo masculino na faixa etária 40-49 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_50_59_f`	Número total de óbitos de pacientes do sexo feminino na faixa etária 50-59 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_50_59_m`	Número total de óbitos de pacientes do sexo masculino na faixa etária 50-59 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_60_69_f`	Número total de óbitos de pacientes do sexo feminino na faixa etária 60-69 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_60_69_m`	Número total de óbitos de pacientes do sexo masculino na faixa etária 60-69 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_70_79_f`	Número total de óbitos de pacientes do sexo feminino na faixa etária 70-79 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_70_79_m`	Número total de óbitos de pacientes do sexo masculino na faixa etária 70-79 anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_80_plus_f`	Número total de óbitos de pacientes do sexo feminino na faixa etária 80+ anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_80_plus_m`	Número total de óbitos de pacientes do sexo masculino na faixa etária 80+ anos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`obitos_f`	Número total de óbitos de pacientes do sexo feminino	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em falta
`obitos_m`	Número total de óbitos de pacientes do sexo masculino	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em falta
`confirmados_desconhecidos_m`	Número de casos confirmados do sexo masculino com idade desconhecida	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_desconhecidos_f`	Número de casos confirmados do sexo masculino com idade desconhecida	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`ativos`	Número de casos ativos	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`internados_enfermaria`	Número de pacientes COVID-19 internados em Enfermaria (não Unidades de Cuidados Intensivos)	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`confirmados_desconhecidos`	Número de casos confirmados com sexo desconhecido	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`incidencia_nacional`	Número de casos confirmados nos 14 dias anteriores e por 100 mil habitantes, nacional, desde 15-03-2021	Fração >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`incidencia_continente`	Número de casos confirmados nos 14 dias anteriores e por 100 mil habitantes, continente, excluindo ilhas, desde 15-03-2021	Fração >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`rt_nacional`	R(t) nacional, desde 15-03-2021	Fração >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador
`rt_continente`	R(t) continente, excluindo ilhas, desde 15-03-2021	Fração >= 0 ou vazio para os dias em que a DGS não reportava este indicador

Definições exactas de alguns destes termos constam do glossário do Plano Nacional de Preparação e Resposta à Doença por novo coronavírus (COVID-19) (página 65 em diante). A 26/03/2020, a soma do número de pacientes recuperados por ARS/Região Autónoma nem sempre é igual ao número total de recuperados. A DGS reportou os dados desta forma, indicando que o diferencial correspondia a "21 casos recuperados laboratorialmente" e a "aguardar mais informação."

Uma outra métrica com potencial interesse científico, o número de casos com base na data de início de sintomas, é também reportada pela DGS. No entanto, é apenas disponibilizado um gráfico de eixos esparsos, o que pode introduzir erros de aproximação na transcrição e comprometer a factualidade dos dados. Por essa razão, esta informação é propositadamente excluída.

Relativamente ao conteúdo em amostras.csv:

Nome da coluna	Significado	Possíveis valores
`data`	Data a que se referem os dados	DD-MM-YYYY
`amostras`	Número total de amostras processadas	Inteiro >= 0 ou vazio
`amostras_novas`	Número diário de novas amostras processadas	Inteiro >= 0 ou vazio
`amostras_pcr`	Número total de amostras PCR processadas	Inteiro >= 0 ou vazio
`amostras_pcr_novas`	Número diário de novas amostras PCR processadas	Inteiro >= 0 ou vazio
`amostras_antigenio`	Número total de amostras Antigénio processadas	Inteiro >= 0 ou vazio
`amostras_antigenio_novas`	Número diário de novas amostras Antigénio processadas	Inteiro >= 0 ou vazio

Relativamente a estes dados, o dashboard da DGS dá conta de que "correspondem ao número de amostras processadas para diagnóstico de SARS-CoV-2 em laboratórios públicos e privados desde o dia 1 de março." Dizem ainda que "Os dados diários após 2 de abril de 2020 ainda estão a ser recolhidos, pelo que os valores no gráfico poderão sofrer alterações." De facto, há a possibilidade de, a cada dia, dados referentes a dias anteriores serem alterados, provavelmente pelo facto de a informação relativa ao processamento de amostras ser recebida pela DGS com alguns dias de desfasamento.

Relativamente ao conteúdo em vacinas.csv:

Nome da coluna	Significado	Possíveis valores
`data`	Data a que se referem os dados	DD-MM-YYYY
`doses`	Número total de doses de vacinas administradas em Portugal continental	Inteiro >= 0 ou vazio
`doses_novas`	Número diário de doses de vacinas administradas em Portugal continental	Inteiro >= 0 ou vazio
`doses1`	Número total de primeiras doses de vacinas administradas em Portugal continental. Nota: inclui unidoses	Inteiro >= 0 ou vazio
`doses1_novas`	Número diário de primeiras doses de vacinas administradas em Portugal continental. Nota: inclui unidoses	Inteiro >= 0 ou vazio
`doses2`	Número total de segundas doses de vacinas administradas em Portugal continental. Nota: exclui unidoses	Inteiro >= 0 ou vazio
`doses2_novas`	Número diário de segundas doses de vacinas administradas em Portugal continental. Nota: exclui unidoses	Inteiro >= 0 ou vazio
`pessoas_vacinadas_completamente`	Número total de pessoas com vacinação completa - com vacina unidose ou com ambas as doses - em Portugal incluindo as ilhas. Tenderá para o total da população. É ajustado semanalmente com os valores do relatório para a diferença de unidose e ilhas. A partir de 29-11-2021 é ajustado do novo relatório com o valor de vacinação completa do continente somado ao ultimo valor conhecido das ilhas.	Inteiro >= 0 ou vazio
`pessoas_vacinadas_completamente_novas`	Número diário de pessoas com vacinaçao completa	Inteiro >= 0 ou vazio
`pessoas_vacinadas_parcialmente`	Número total de pessoas com vacinaçao parcial - com apenas a primeira dose de vacinas de dose dupla. Tenderá para zero conforme a população receba a segunda dose. É ajustado semanalmente como o `completamente`	Inteiro >= 0 ou vazio
`pessoas_vacinadas_parcialmente_novas`	Número diário de pessoas com vacinaçao parcial. Poderá ser negativo em dias que sejam administradas mais segundas doses que primeiras.	Inteiro >= 0 ou vazio
`pessoas_inoculadas`	Número total de pessoas com pelo menos uma dose de vacina. É ajustado semanalmente como o `completamente`	Inteiro >= 0 ou vazio
`pessoas_inoculadas_novas`	Número diário de pessoas com a primeira (potencialmente única) dose de vacina.	Inteiro >= 0 ou vazio
`pessoas_inoculadas_12mais`	Número total de pessoas com pelo menos uma dose de vacina e 12 ou mais anos. É calculado da diferença de `pessoas_inoculadas_novas` subtraindo `vacinação_iniciada_05_11`, para o valor poder ser usado quando comparado com outros países com 12+ e sem que a percentagem ultrapasse os 100%.	Inteiro >= 0 ou vazio
`vacinas`	Número total de doses de vacina. Equivalente ao `doses` mas ajustado semanalmente com os valores das ilhas.	Inteiro >= 0 ou vazio
`vacinas_novas`	Número diário de novas doses de vacinas.	Inteiro >= 0 ou vazio
`pessoas_vacinadas_completamente_continente`	Número total de pessoas com vacinação completa no continente, do relatório diário a partir de 29-11-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`pessoas_vacinadas_completamente_continente_novas`	Número diário de pessoas com vacinação completa no continente, do relatório diário a partir de 29-11-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`pessoas_reforço`	Número total de pessoas com vacinação reforço no continente, do relatório diário a partir de 29-11-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`pessoas_reforço_novas`	Número diário de pessoas com vacinação reforço no continente, do relatório diário a partir de 29-11-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`pessoas_gripe`	Número total de pessoas com vacinação gripe no continente, do relatório diário a partir de 29-11-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`pessoas_refopessoas_gripe_novasrço_novas`	Número diário de pessoas com vacinação gripe no continente, do relatório diário a partir de 29-11-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`vacinas_reforço_e_gripe_novas`	Número diário de inoculações de vacinas contra a COVID-19 e contra a Gripe.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_80mais`	Número total de pessoas com vacinação reforço no continente com mais de 80 anos, do relatório diário a partir de 29-11-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_80mais_novas`	Número diário de pessoas com vacinação reforço no continente com mais de 80 anos, do relatório diário a partir de 29-11-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_70_79`	Número total de pessoas com vacinação reforço no continente com 70 a 79 anos, do relatório diário a partir de 29-11-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_70_79_novas`	Número diário de pessoas com vacinação reforço no continente com 70 a 79 anos, do relatório diário a partir de 29-11-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_65_69`	Número total de pessoas com vacinação reforço no continente com 65 a 69 anos, do relatório diário a partir de 29-11-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_65_69_novas`	Número diário de pessoas com vacinação reforço no continente com 65 a 69 anos, do relatório diário a partir de 29-11-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_60_69`	Número total de pessoas com vacinação reforço no continente com 60 a 69 anos, do relatório diário a partir de 19-12-2021, deixando de haver 65-69.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_60_69_novas`	Número diário de pessoas com vacinação reforço no continente com 60 a 69 anos, do relatório diário a partir de 19-12-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_50_59`	Número total de pessoas com vacinação reforço no continente com 50 a 59 anos, do relatório diário a partir de 19-12-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_50_59_novas`	Número diário de pessoas com vacinação reforço no continente com 50 a 59 anos, do relatório diário a partir de 19-12-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_40_49`	Número total de pessoas com vacinação reforço no continente com 40 a 49 anos, do relatório diário a partir de 07-02-2022.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_40_49_novas`	Número diário de pessoas com vacinação reforço no continente com 40 a 49 anos, do relatório diário a partir de 07-02-2022.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_30_39`	Número total de pessoas com vacinação reforço no continente com 30 a 39 anos, do relatório diário a partir de 07-02-2022.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_30_39_novas`	Número diário de pessoas com vacinação reforço no continente com 30 a 39 anos, do relatório diário a partir de 07-02-2022.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_18_29`	Número total de pessoas com vacinação reforço no continente com 18 a 29 anos, do relatório diário a partir de 07-02-2022.	Inteiro >= 0 ou vazio
`reforço_18_29_novas`	Número diário de pessoas com vacinação reforço no continente com 18 a 29 anos, do relatório diário a partir de 07-02-2022.	Inteiro >= 0 ou vazio
`vacinação_iniciada_05_11`	Número total de pessoas com vacinação iniciada no continente com 5 a 11 anos, do relatório diário a partir de 19-12-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`vacinação_iniciada_05_11_novas`	Número diário de pessoas com vacinação iniciada no continente com 5 a 11 anos, do relatório diário a partir de 19-12-2021.	Inteiro >= 0 ou vazio
`vacinação_completa_05_11`	Número total de pessoas com vacinação completa no continente com 5 a 11 anos, do relatório diário a partir de 07-02-2022.	Inteiro >= 0 ou vazio
`vacinação_completa_05_11_novas`	Número diário de pessoas com vacinação completa no continente com 5 a 11 anos, do relatório diário a partir de 07-02-2022.	Inteiro >= 0 ou vazio

Relativamente ao conteúdo em vacinas_detalhe.csv:

Nome da coluna	Significado	Possíveis valores
`data`	Data a que se referem os dados	DD-MM-YYYY
`recebidas`	Número total de doses de vacinas recebidas	Inteiro >= 0 ou vazio
`distribuidas`	Número total de doses de vacinas distribuidas	Inteiro >= 0 ou vazio
`[*]`	As colunas seguintes referem-se aos valores para Portugal continental, sem sufixo, e repetindo depois com cada sufixo por idade [0_17, 18_24, 25_49, 50_64, 65_79, 80+, desconhecido], e por ARS [arsnorte, arscentro, arslvt, arsalentejo, arsalgarve, madeira, açores, outro]
`doses`	Número total de doses de vacinas administradas	Inteiro >= 0 ou vazio
`doses_novas`	Número diário de doses de vacinas administradas	Inteiro >= 0 ou vazio
`doses1`	Número total de primeiras doses de vacinas administradas	Inteiro >= 0 ou vazio
`doses1_novas`	Número diário de primeiras doses de vacinas administradas	Inteiro >= 0 ou vazio
`doses2`	Número total de segundas doses de vacinas administradas	Inteiro >= 0 ou vazio
`doses2_novas`	Número diário de segundas doses de vacinas administradas	Inteiro >= 0 ou vazio
`dosesunk`	Número total de doses desconhecidas de vacinas administradas	Inteiro >= 0 ou vazio
`dosesunk_novas`	Número diário de doses desconhecidas de vacinas administradas	Inteiro >= 0 ou vazio
`doses1_perc`	Percentagem de população vacinada com a primeira dose	fracção entre [0, 1] ou vazio
`doses2_perc`	Percentagem de população vacinada com a segunda dose	fracção entre [0, 1] ou vazio
`populacao1`	População a que se referem os dados (doses1 ÷ doses1_perc), a que deverá corresponder ao respectivo valor de população de acordo com INE/PORDATA 2019	Inteiro >= 0 ou vazio
`populacao2`	População a que se referem os dados (doses2 ÷ doses2_perc), a que deverá corresponder ao respectivo valor de população de acordo com INE/PORDATA 2019	Inteiro >= 0 ou vazio

Relativamente ao ficheiro data_concelhos.csv:

Nome da coluna	Significado	Possíveis valores
`data`	Data a que se referem os dados	DD-MM-YYYY
`[nome_concelho]`	Número total de casos acumulados	Inteiro >= 0 ou vazio para os dias em que este indicador não é reportado neste concelho caso seja inferior a 3.

Estes dados são extraídos do serviço da ESRI de ArcGIS e podem ter algumas diferenças em relação ao boletim oficial (isto é, concelhos que deixam de aparecer no boletim continuam a aparecer no serviço). A partir de 31/03, estes casos passaram a ser reportados pelas Administrações Regionais de Saúde e Regiões Autónomas, sendo que qualquer conclusão com base nos dias anteriores deve ser tomada com cuidado.

Relativamente ao ficheiro rt.csv:

Nome da coluna	Significado	Possíveis valores
`data`	Data a que se referem os dados	DD-MM-YYYY
`rt_[região]`	Rt para a respectiva região	Fração >= 0 ou vazio
`rt_95_inferior_[região]`	Limite inferior Índice Confiança 95% do Rt para a respectiva região	Fração >= 0 ou vazio
`rt_95_superior_[região]`	Limite superior Índice Confiança 95% do Rt para a respectiva região	Fração >= 0 ou vazio

Estes dados são extraídos do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA)

💡 Problemas, inconsistências e melhorias

Quaisquer sugestões de dados complementares (provenientes de fontes oficiais), inconsistências nos dados ou melhorias genéricas, à vontade ➡️ Issues ou Pull Requests.

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A Data Science for Social Good Portugal é uma comunidade aberta de cientistas de dados, amantes de dados e entusiastas de dados que querem atacar problemas que importam verdadeiramente. Acreditamos no poder dos dados para transformar a nossa sociedade para o melhor e para todos.

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